Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsmedizin, Dr. Klein, Dr. Rost und Kollegen

Deep Sequencing

Dr. rer. nat. Karin Mayer

Im Rahmen der molekulargenetischen Diagnostik bei klinisch gut charakterisierten Erkrankungen mit definierten Genen und vollständiger Penetranz kommt es vor, dass bei Patienten mit charakteristischen Symptomen und einer klinisch eindeutigen Diagnose in der Routinediagnostik keine genetische Ursache nachgewiesen werden kann. Die Gründe hierfür liegen u.a. an

  • pathogenen Varianten, die im Untersuchungsmaterial in einem niedriggradigen Mosaik vorliegen, welches durch die Routinediagnostik nicht detektiert werden kann
  • pathogenen Varianten, die in Bereichen liegen, die in der Routinediagnostik nicht untersucht werden, wie z.B. regulatorische Bereiche oder Introns der entsprechenden Gene

Durch die in den letzten Jahren in zunehmendem Maße eingesetzten Sequenzierverfahren (Next Generation Sequencing, NGS) kann nach einer negativen Routinediagnostik bei bestimmten Fragestellungen eine Spezialdiagnostik angeboten werden. Bei Tuberöse Sklerose Complex (TSC) und Neurofibromatose Typ 1 (NF1) können durch eine hohe Sequenziertiefe (coverage) von mindestens 1.000x (deep sequencing) auch Mosaike mit 5% Frequenz des varianten Allels (VAF) oder weniger detektiert werden. Bei somatischen Mosaiken ist in DNA aus peripheren Leukozyten eine genetische Veränderung häufig nicht oder nur in geringen Anteilen <5% nachweisbar. Hier empfielt sich eine Analyse von DNA aus verfügbarem Tumormaterial. Bei TSC können durch die Untersuchung der Promotorregionen und der Introns der jeweiligen Gene mittels NGS auch pathogene Varianten in den regulatorischen Bereichen detektiert werden.