Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsmedizin, Dr. Klein, Dr. Rost und Kollegen

Deep Sequencing

Bei der molekulargenetischen Diagnostik kommt es immer wieder vor, dass bei Patienten mit charakteristischen Symptomen einer bestimmten Erkrankung in der Routinediagnostik keine molekulare Ursache gefunden werden kann. Die Gründe hierfür liegen u.a. an

  • pathogenen Varianten, die in einem niedriggradigen Mosaik vorliegen, das durch die Routinediagnostik nicht detektiert werden kann
  • pathogenen Varianten, die in Bereichen liegen, die in der Routinediagnostik nicht untersucht werden wie z.B. regulatorische Bereiche oder Introns

Durch die in den letzten Jahren entwickelten neuen Sequenzierverfahren (Next Generation Sequencing, NGS) kann nach einer negativen Routinediagnostik in bestimmten Fällen eine Spezialdiagnostik angeboten werden. Bei Tuberöse Sklerose Complex (TSC) und Neurofibromatose Typ 1 (NF1) können durch eine hohe Sequenziertiefe (coverage) von 1.000x und mehr (deep sequencing) auch Mosaike mit mindestens 5% Frequenz des mutierten Allels erkannt werden. Bei TSC können durch die Untersuchung der Promotorregionen der jeweiligen Gene mittels NGS auch pathogene Varianten in den regulatorischen Bereichen detektiert werden.