Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsmedizin, Dr. Klein, Dr. Rost und Kollegen

Integration der CNV (Copy number Variation)-Analytik in den diagnostischen Routinebetrieb

M.Sc. Martin Ziegler

Seit Anfang Februar werden ausgewählte Indikationen, die über NGS (Next Generation Sequencing) bearbeitet werden, automatisch auf das Vorliegen von Deletionen und Duplikationen hin untersucht. Technisch basiert dieser Ansatz auf der Normalisierung der Anreicherungsdaten innerhalb der Patienten eines Panels. Zur Steigerung der Spezifität der Pipeline werden CNVs von drei unabhängigen Algorithmen detektiert (Becker et al. 2017). Mit diesem Ansatz können hetero-, hemi- und homozygote CNVs im Analysebereich mit hoher Sicherheit erfasst werden (Sensitivität 97 %, Präzision 93 %). Deletionen und Duplikationen werden von erfahrenen Auswertern klassifiziert (Kearney et al. 2011, Richards et al. 2015), klinisch relevante bzw. unklare Varianten werden durch eine zweite, unabhängige Methode bestätigt (z.B. MLPA, qPCR, PCR, Sanger Sequenzierung) und anschließend an den Einsender berichtet.

Ein diagnostischer Mehrwert ergibt sich vor allem bei Indikationen bei denen bisher, technisch bedingt, keine CNV-Analyse möglich war. Ein Beispiel: Für Patienten mit Sphärozytose ist derzeit kein kommerzieller Kit der bisherigen Methode zur CNV Detektion (MLPA) erhältlich. In der retrospektiven Datenanalyse wurden bisher bei 27 Sphärozytose Familien, vier pathogene Deletionen in drei verschiedenen Sphärozytosegenen nachgewiesen (Busse et al. 2018). Deletionen in diesen Genen sind als Ursache der Sphärozytose bisher nicht in der Literatur beschrieben und geben einen Einblick, wie wichtig eine vollständige Diagnostik für die Patientenversorgung ist.

Literatur

Becker et al, ASHG (2017), DOI:10.13140/ Kearney et al, Genet Med. 13(7):680 (2011)/ Richards et al. Genet Med 17(5):405 (2015)/ Busse et al, medgen 30:136 (2018)