Eine weitere Methode, die ihren Ursprung in der Tumorzytogenetik hat, stellt die Array-CGH dar (s. hierzu auch Kapitel Zytogenetik). Mit Hilfe eines DNA-Array oder -Chip, der vor allem diejenigen Genregionen hochauflösend darstellt, die bei hämatologischen Neoplasien häufig Veränderungen aufweisen, können Deletionen und Amplifikationen einzelner Abschnitte des Erbguts in Blut- bzw. Knochenmarkproben identifiziert werden. Zellkulturprobleme oder Kulturartefakte werden somit umgangen. Weiterhin können Deletionen oder Amplifikationen nachgewiesen werden, die mit dem üblicherweise eingesetzten FISH-Panel nicht detektierbar sind und desweiteren können komplexere Chromosomenveränderungen charakterisiert werden. Balancierte Translokationen, Inversionen und Insertionen sowie kleine Mosaike können allerdings nicht detektiert werden. Die Array-CGH kann die klassische Tumorzytogenetik daher nicht ersetzen, aber sinnvoll ergänzen.