Die SSP-Methode beruht auf dem Prinzip, dass - unter stringenten Reaktionsbedingungen - lediglich Oligonukleotid-Primer, deren Sequenz vollständig komplementär zur Zielsequenz der Test-DNA sind, an diese DNA binden und in einer PCR ein Amplifikat generieren. Nicht komplementäre Oligonukleotide hingegen können nicht binden, weshalb keine Amplifikation erfolgt. Der Nachweis von spezifisch amplifizierter DNA erfolgt durch Agarosegelelektrophorese mit anschließender DNA-Färbung durch den interkalierenden Farbstoff Ethidium-Bromid. Das Bandenmuster wird mittels einer Software auf der Grundlage von Primersequenzen ausgewertet, welche ständig in Anlehnung an die  HLA-Nomenklatur aktualisiert wird (siehe: Helmberg et al, Tissue Antigens 51:587, 200